Manaus é conhecida por possuir inúmeros museus. O Museu do Índio, é o maior e mais amplo museu da história indígena no Brasil. O museu tem em seu acervo cerca de três milhares de peças produzidas por tribos da Amazônia. Há ainda, o Museu do Homem do Norte, fundado em 13 de março de 1985 dedicado à vida do homem na região norte do Brasil, focalizando o modo de vida, usos e costumes presentes na cultura e as atividades econômicas principais da Amazônia Legal. Entre os museus que se dedicam à cultura do homem amazônico, destaca-se o Museu Amazônico da Universidade Federal do Amazonas, que atua com o objetivo de dar apoio à pesquisa, ao ensino e à extensão nas áreas fundamentais para o conhecimento da Amazônia e de suas culturas.

O Museu de Ciências Naturais da Amazônia possui um acervo de animais da floresta amazônica empalhados, além de várias espécies de peixes. Entre eles, destacam-se os piraíbas, tucunarés e tambaquis. A cidade possui um dos únicos museus dedicados à numismática no Brasil, o Museu de Numismática do Amazonas, com sua origem na coleção de moedas, cédulas e documentos históricos, organizada pelo comerciante amazonense Bernardo D'Azevedo da Silva Ramos, que viajou por vários países, adquirindo peças para sua coleção particular. Em 1898 adquiriu a valiosa coleção e respectiva biblioteca especializada, do humanista pernambucano Cícero Peregrino Dias, enriquecendo ainda mais o seu acervo pessoal. O Governo do Amazonas, através da Lei nº296 de 6 de outubro de 1899, autorizou a compra da coleção numismática de Bernardo Ramos para o estado.

Entre os museus dedicados à história de segmentos, destacam-se o Museu do Porto, que mantém em exposição cerca de 300 peças que contam a história do Porto de Manaus, da navegação e do comércio no período áureo da borracha. Há ainda, o 'Museu Tiradentes, situado na Praça Heliodoro Balbi, dando ênfase a história da Polícia Militar do Amazonas.Conta com exposição de móveis, armaduras do século XVI, uniformes, armas, medalhas e fotografias. Também é notório a Pinacoteca do Estado do Amazonas construída em 1965. A Pinacoteca conserva um acervo de mais de mil obras de artistas amazonenses, brasileiros e estrangeiros, executadas entre os séculos XIX e XX.