No futebol, os principais clubes de Manaus e do Amazonas são o Nacional Futebol Clube, tendo sido fundado no dia 13 de janeiro de 1913. A sua sede por muito tempo ficou estabelecida na Rua Saldanha Marinho, no Centro Histórico de Manaus, porém, décadas depois, houve a definitiva localização na rua São Luís, no bairro Adrianópolis. O Nacional fez a primeira partida Oficial do Primeiro Campeonato Amazonense de Futebol no dia 8 de fevereiro de 1914 contra o Manaós Sporting. Conseguiu entre 1916 e 1920 um inédito pentacampeonato amazonense. Anos mais tarde, o termo "Onde tem taça é do Naça" ganhou mais força com os inúmeros títulos regionais do clube de futebol O "Naça" , assim como é comumente conhecido pelos amazonenses, tem como símbolo um "Leão azul". É o Clube com maior quantidade de títulos estaduais, tendo conquistado 40 títulos. Grande revelador de talentos, fez surgir uma gama de estrelas do futebol nortista, tais como Marcolino, Gatinho e Paulo Onety, na época do amadorismo da FADA (Federação Amazonense de Desportos atléticos). No final da Década de 1960, especificamente em 1969, o Nacional teve a primazia de fazer uma partida preliminar do jogo entre a Seleção Brasileira (que viria a ser tri-campeã mundial no México em 1970) e a Venezuela, em jogo válido pelas eliminatórias. Nesse jogo amistoso, o Nacional enfrentou o Maringá, onde venceu o time por 1 x 0.

Com a sua tradição de conquistas, na Década de 1970 conseguiu um inédito hexacampeonato (1976-1981). Jogadores como Alfredo Mostarda, Antenor (campeão brasileiro em 1977 com o São Paulo Futebol Clube) também fizeram parte do time. Em 1984 o Nacional fez uma excursão ao Marrocos no Norte da África, onde participou da Copa do Rei Fayhad, sagrando-se campeão. Antes porém, em 1980 foi campeão da Taça do Pacto Amazônico, que reuniu equipes como Fast Clube, Tuna Luso, Milionários (Colômbia), Alianza e Cristal (Peru), dentre outras equipes sulamericanas.

Temos ainda o São Raimundo Esporte Clube, fundado em 18 de novembro de 1918, participante da Série B do Campeonato Brasileiro de 2000 a 2006, quando foi rebaixado. O clube de futebol foi sete vezes campeão amazonense, três vezes campeão da Copa Norte, devido à sua ascensão teve um grande aumento de torcedores, sendo assim o segundo de maior torcida dentre os grandes do Amazonas, a participar de uma Copa Conmebol e tendo assim seu nome lembrado fora do país. O São Raimundo Esporte Clube é o único de Manaus a possuir estádio próprio.

Existem ainda o Atlético Rio Negro Clube, também fundado em 1913, no mês de novembro, que é o segundo maior detentor de títulos estaduais; e o Nacional Fast Club, fundado no início dos anos 1930 a partir de uma dissidência do Nacional Futebol Clube, sendo três vezes campeão da Copa Norte, que já conquistou seis campeonatos amazonenses, além de ter sido Campeão do Norte e vice-campeão do Norte-Nordeste em 1970.

Além do Estádio Ismael Benigno, conhecido como Estádio da Colina, que tem capacidade para 18 mil pessoas, (hoje em precário estado de conservação), está em construção na cidade, a Arena da Amazônia, o maior estádio do Amazonas. O Estádio Vivaldo Lima, que foi inaugurado em 1970 pela Seleção Brasileira e possuía capacidade para 38.000 torcedores, foi demolido em julho de 2010, para a construção da Arena da Amazônia.

No dia 31 de maio de 2009, Manaus foi escolhida como uma das 12 subsedes brasileiras da Copa do Mundo FIFA de 2014 e sediou nos dias 22, 23 e 24 de abril, o 1º Simpósio Internacional de Operações Especiais, que visa preparar o Brasil para a segurança da Copa do Mundo FIFA de 2014.

Manaus é uma das únicas cidades do Brasil a realizar a Copa Indígena, evento esportivo que tem como alvo os Povos Indígenas do Amazonas. A cidade iniciou o evento em 2009, sendo a pioneira no Brasil na socialização indígena. A Copa Indígena consiste na disputa de clubes de futebol formado apenas por etnias indígenas que disputam entre si